setwd("~/Dropbox_2021 Dropbox/tormund tormund/Naive feeder-free project/2023/Submission/EMBO Journal/EMBOJ-2025-123014_Source data for Figures/Figure 4/4B")
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Expression <- read.table("4B.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("KLF4", "ZIC2"), each=5)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Expression$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Expression$KLF4, Expression$ZIC2)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Expression <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Expression$Sample <- ordered(new.Expression$Sample, levels = unique(Expression$Sample))
new.Expression$Geni <- ordered(new.Expression$Geni, levels = c("KLF4", "ZIC2"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
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rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
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facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
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rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
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rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
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rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Expression,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
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rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
